SPF(無菌)動物施設は外部と完全に隔離され、室内に供給する全ての器具を滅菌・消毒してコンタミを防止した装置です。飼育動物は、病原体汚染を防ぐためアイソレーションボックス又はチャンバーに収容します。無菌動物飼育室に供給される空気はHEPA フィルターで除菌処理され、室内空気圧を陽圧にし、外部からの汚染空気の流入を防ぎます。
空調系統にHEPAフィルター(0.3ミクロンの粒子を99.97%捕捉)を使用し、細菌まではこのフィルターに捕集されます。
細菌よりも小さい微生物に関しては、空気中のゴミや虫に付着しているため、それらを除去することで室内の無菌状態が確保できます。バイオクリーンルームへ入室する人間や機器はエアシャワーを通すことで室内の無菌状態を保ちます。